Ja, wenn der Kopf in den Zylinder ragt, musst du diesen Wert vom, am Zylinder gemessenen, Stichmaß abziehen.
Quetschspalt musst du auch berücksichtigen.
Das Geplante Gehäuse ändert nichts an deinem Stichmaß. Du musst dann nur eine entsprechende Fußdichtig verbauen, um auf gewünschte Quetschspalt und Steuerzeiten zu kommen